Toprak, mantarların en yaygın yaşam alanıdır. Mantarların yeraltındaki ağı olan miselyum, toprakta organik kalıntılar ve minerallerle beslenerek büyür. Bu süreçte mantarlar, ölü bitki ve hayvan artıklarını parçalayarak onları diğer canlılar için kullanılabilir besin maddelerine dönüştürür. Böylece doğadaki madde döngüsünde önemli bir rol oynarlar.

Bazı mantarlar, ağaç kökleriyle simbiyotik ilişkiler kurar. Bu ilişkiye mikoriza denir. Mantarlar, ağaçlara su ve mineral sağlar, karşılığında ise bitkilerden şeker alır. Mikoriza sayesinde orman ekosistemleri daha sağlıklı ve dirençli olur. Eğer mantarlar olmasaydı, toprak çok daha fakir olurdu ve doğadaki besin döngüsü yavaşlardı. Mantarlar, ekosistemin dengesini koruyan vazgeçilmez canlılardır.